معاونت پژوهشی پژوهشکده علوم پایه کاربردی جهاد دانشگاهی با 6 گروه پژوهشی و دارا بودن 25 عضو هیئت علمی تمام وقت و 15 کارشناس پژوهشی در گرایش های علوم پایه و فنی- مهندسی و بین رشته ای بر موضوع ازدیاد برداشت منابع نفت و گاز و پاکسازی منابع آب و خاک به ترتیب در حوزه بالادستی و پایین دستی نفت تمرکز دارد.   استفاده بهینه از منابع نفت و گاز و حفاظت از منابع آب و خاک از مسایل مهم روز دنیا است. از این‌رو اهداف کلی پژوهشکده علوم پایه کاربردی نیز مطالعات و حل مسایل ازدیاد برداشت از مخازن نفت و گاز و انجام مطالعات در رفع مشکلات زیست محیطی منابع آب و خاک می باشد. در راستای نیل به اهداف مذکور گروه های پژوهشی زمین شناسی نفت، توسعه میادین نفت و گاز، میکروبیولوژی نفت، زمین شناسی محیطی، نانوبایوفیزیک و تکنولوژی صنعت و محیط فعالیت دارند.   معاونت پژوهشی پژوهشکده سعی بر آن دارد تا ضمن بهره گیری از تمامی ظرفیت های محلی، ملی، منطقه‌ای و بین المللی به خصوص استفاده از نیروی جوان و نخبه کشور و همچنین بهره مندی از توان اعضای هیات علمی و به پشتوانه بیش از 20 سال تحقیق و تجربه، زمینه اجرای ایده "هر گروه پژوهشی حداقل یک محصول و یا فناوری با قابلیت تجاری سازی" را در سال 1400 فراهم سازد.