جهاد دانشگاهی نهادی انقلابی با هویت اسلامی است که برخوردار از منابع انسانی متعهد، متخصص، پرتلاش، مسئولیت‌پذیر، پیشگام در توسعه علم و فناوری با تعامل سازنده در عرصه های ملی و بین المللی می باشد. از مهم ترین اهداف پژوهشکده علوم پایه کاربردی، می توان به جذب نخبگان علمی، انجام پژوهشهای کاربردی برنامه‌ریزی شده و بکارگیری نتایج حاصله در قالب تولید و بومی سازی فناوری های مورد نیاز، در مسیر توسعه علمی کشور، اشاره نمود.

در این راستا، پژوهشکده علوم پایه کاربردی از بدو تاسیس همواره تلاش نموده بخشی از خلا های موجود در بخش های پژوهش و فناوری کشور را پر نماید. این رسالت با انجام پژوهش های لازم برای دست یافتن به دانش فنی آغاز شد. در مرحله بعد، دانش فنی تولید شده به فناوری های کاربردی تبدیل می گردد. سپس با در دست داشتن این فناوری ها، به ارائه خدمات تخصصی در زمینه های مرتبط با فناوری های مورد نیاز کشور می پردازد. این پژوهشکده تلاش می کند تا علاوه بر تعامل سازنده با دستگاههای اجرایی و مراکز علمی داخلی، مجموعه‌های فناوری و صنعتی با دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی معتبر بین المللی نیز همکاری نماید.

پژوهشکده علوم پایه کاربردی در قالب گروه های پژوهشی در زمینه های توسعه میادین و ازدیاد برداشت از مخازن نفت و گاز، استفاده از روش های ژئوفیزیکی لرزه نگاری و الکترومغناطیسی برای اکتشاف منابع نفت و گاز، تحلیل حوضه های رسوبی به منظور اکتشاف دقیق و سیستماتیک ذخایر نفتی، تولید نرم افزارهای مورد نیاز بخش بالادستی صنعت نفت، زمین شناسی محیط زیستی، پاکسازی آلودگی های نفتی با استفاده از باکتری های نفتخوار، تولید پودر میکروبی جهت رفع آلودگی های نفتی، طراحی و ساخت پکیج پرتابل بازیافت و زیست‌پالایی پسماندهای جامد آلوده به مواد نفتی، دستیابی به فناوری جمع آوری لکه های نفتی در محیط های آبی با استفاده از فرآورده های میکروبی، مطالعات انرژی، مطالعات آبهای سطحی و زیرزمینی، مطالعات مربوط به افزایش بهره وری مصرف آب از طریق برداشت آب باران و رواناب، تصفیه پساب واحدهای نمک زدایی و آب همراه نفت و گاز با هدف استفاده در کشاورزی و صنایع و همچنین تولید نانو ذرات فعالیت می نماید.